Infección natural por SARS-CoV-2 en gatos y perros domésticos de personas con diagnóstico de COVID-19 en el Valle de Aburrá, Antioquia / Natural SARS-CoV- 2 infection in domestic cats and dogs of humans diagnosed with COVID-19 in Valle de Aburrá, Antioquia

Introducción. El síndrome respiratorio agudo grave causado por el nuevo coronavirus SARS-CoV-2 es causa de la emergencia sanitaria por la pandemia de COVID-19. Si bien el humano es el principal huésped vulnerable, en estudios experimentales y reportes de infección natural, se han encontrado casos de zoonosis inversa de SARS-CoV-2 en animales. Objetivo. Evaluar la infección natural por SARS-CoV-2 en gatos y perros de propietarios con diagnóstico de COVID-19 en el Valle de Aburrá, Antioquia, Colombia. Materiales y métodos. La circulación del SARS-CoV-2 se evaluó por RT-qPCR y RT-PCR en muestras de frotis nasofaríngeos y orofaríngeos de gatos y perros cuyos propietarios se encontraban dentro del periodo de los 14 días de aislamiento. Los casos positivos se verificaron amplificando fragmentos de los genes RdRp, N y E; se secuenció el gen RdRp y se analizó filogenéticamente. Resultados. De 80 animales evaluados, seis gatos y tres perros fueron casos confirmados de infección natural por SARS-CoV-2. Los animales no presentaron signos clínicos y sus propietarios, que padecían la infección, reportaron únicamente signos leves de la enfermedad sin complicaciones clínicas. En el análisis de una de las secuencias, se encontró un polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) con un cambio en la posición 647, con sustitución del aminoácido serina (S) por una isoleucina (I). Los casos se presentaron en los municipios de Caldas, Medellín y Envigado. Conclusiones. Se infiere que la infección natural en los gatos y perros se asocia al contacto directo con un paciente con COVID-19. No obstante, no es posible determinar la virulencia del virus en este huésped, ni su capacidad de transmisión zoonótica o entre especie.

Introduction: The severe acute respiratory syndrome caused by the new coronavirus SARS-CoV-2 is the cause of the health emergency due to the COVID-19 pandemic. Although humans are the main susceptible host, experimental studies and reported cases of natural infection have evidenced scenarios of SARS-CoV-2 reverse zoonosis in animals. Objective: To evaluate the natural infection of SARS-CoV-2 in cats and dogs with owners diagnosed with COVID-19 in the Valle de Aburrá subregion in Antioquia, Colombia. Materials and methods. The circulation of SARS-CoV-2 was evaluated by RT-qPCR and RT-PCR in samples of nasopharyngeal and oropharyngeal smears from cats and dogs whose owners presented latent COVID-19 infection. Positive cases were verified through amplification of N, E and RdRp gene fragments; with the latter being sequenced and the phylogenetically analyzed. Results. From 80 tested animals, 6 cats and 3 dogs resulted positive for natural SARS-CoV-2 infection. These animals did not show any clinical signs; and their infected owners only reported mild signs of COVID-19, without clinical complications. Regarding analysis of one of the sequences, a single nucleotide polymorphism (SNP) was found, with a substitution in position 647, resulting in the change of the amino acid serine (S) for isoleucine (I). The cases occurred in the municipalities of Caldas, Medellín and Envigado. Conclusions. It is inferred that natural infection in cats and dogs is associated with direct contact with a positive COVID-19 patient.

Presence of bovine leukemia virus genotypes 1 and 3 in antioquia, colombia / Presencia de los genotipos 1 y 3 del virus de la leucosis bovina en antioquia, colombia

SUMMARY Bovine leukemia virus (BLV) is an immunosuppressant retrovirus that primarily affects dairy livestock, its target cells are B lymphocytes in which it integrates its genome infecting cattle for life. It is important to identify the distribution of the BLV in the region and to reconstruct its evolutionary history through phylogenetic trees, for the province of Antioquia this is the first report of the BLV genotypes. The aim of this study was to identify the genotype of BLV circulating in dairy cattle of different regions of the province of Antioquia, Colombia. DNA was extracted from 8 Holstein cows. Nested PCR was performed to amplify a fragment of 444 pb of the env gene. The env viral gene codes for surface protein gp51, gene is highly conserved and it is used for phylogenetic analysis. Obtained amplicons were sequenced, manually aligned in MEGA V7 program, and compared to 53 viral env gene sequences registered in GenBank. Phylogenetic analysis was performed by Maximum Likelihood and Bayesian methods. Two circulating genotypes were found: the most common genotype was 1, found in seven samples; they grouped with sequences from EE. UU, Argentina and Japan; only one sample was classified as genotype 3 and was grouped with samples from EE. UU and Japan. At least two genotypes (1 and 3) of BLV are circulating in Antioquia; however, more cattle and herds should be evaluated to elucidate the diversity and distribution of BLV in Colombia.

RESUMEN El virus de la leucosis bovina (BLV) es un retrovirus inmuno-supresor que afecta, principalmente, al ganado lechero; sus células diana son los linfocitos B, en los cuales, integra su genoma, infectando al ganado de por vida. Es importante identificar la distribución del BLV en la región y reconstruir su historia evolutiva, a través de árboles filogenéticos; para el departamento de Antioquia, este es el primer reporte de los genotipos del BLV. El objetivo de este estudio fue identificar el genotipo de BLV que circula en ganado lechero de diferentes regiones del departamento de Antioquia, Colombia. Se extrajo ADN de 8 vacas Holstein. Se realizó una PCR anidada, para amplificar un fragmento del gen env de 444 pb. El gen env viral codifica la proteína de superficie gp51, altamente conservado y es usado en análisis filogenéticos. Los amplicones obtenidos se secuenciaron, se alinearon manualmente en el programa MEGA V7 y se compararon con 53 secuencias del gen env viral, registradas en GenBank. El análisis filogenético, se realizó por métodos de Máxima Verosimilitud y Bayesianos. Se encontraron dos genotipos circulantes: el genotipo más común fue 1, hallado en siete muestras, agrupadas con secuencias de EE. UU, Argentina y Japón; solo una muestra se clasificó como genotipo 3 y se agrupó con muestras de EE. UU y Japón. Al menos dos genotipos (1 y 3) de BLV están circulando en Antioquia; sin embargo, se deben evaluar más bovinos y hatos para elucidar la diversidad y la distribución de BLV en Colombia.

Molecular epidemiology and phylogenetic analysis of human papillomavirus infection in women with cervical lesions and cancer from the coastal region of Ecuador / Epidemiología molecular y análisis filogenético de la infección por el virus del papiloma humano en mujeres con lesiones cervicales y cáncer en la región litoral del Ecuador

The aim of the present study was to gather information regarding the molecular epidemiology of Human papillomavirus (HPV) and related risk factors in a group of women with low- and high-grade cervical lesions and cancer from the coastal region of Ecuador. In addition, we studied the evolution of HPV variants from the most prevalent types and provided a temporal framework for their emergence, which may help to trace the source of dissemination within the region. We analyzed 166 samples, including 57 CIN1, 95 CIN2/3 and 14 cancer cases. HPV detection and typing was done by PCR-sequencing (MY09/MY11). HPV variants and estimation of the time to most recent common ancestor (tMRCA) was assessed through phylogeny and coalescence analysis. HPV DNA was found in 54.4% of CIN1, 74.7% of CIN2/3 and 78.6% of cancer samples. HPV16 (38.9%) and HPV58 (19.5%) were the most prevalent types. Risk factors for the development of cervical lesions/cancer were the following: three or more pregnancies (OR = 4.3), HPV infection (OR = 3.7 for high-risk types; OR = 3.5 for HPV16), among others. With regard to HPV evolution, HPV16 isolates belonged to lineages A (69%) and D (31%) whereas HPV58 isolates belonged only to lineage A. The period of emergence of HPV16 was in association with human populations (tMRCA = 91 052 years for HPV16A and 27000 years for HPV16D), whereas HPV58A preceded Homo sapiens evolution (322 257 years). This study provides novel data on HPV epidemiology and evolution in Ecuador, which will be fundamental in the vaccine era.

El objetivo del presente estudio fue aportar información sobre la epidemiología molecular del virus del papiloma humano (human papillomavirus [HPV]) y los factores de riesgo asociados al desarrollo de lesiones cervicales y cáncer en mujeres de la costa del Ecuador. Además, se estudiaron la evolución de las variantes de los HPV más prevalentes y el marco temporal de su emergencia, para ayudar a rastrear la fuente de dispersión en la región. Se analizaron 166 muestras, incluyendo 57 y 95 casos de neoplasia intraepitelial cervical tipo 1 (CIN1) y tipo 2/3 (CIN2/3), respectivamente, y 14 de casos de cáncer. La detección/tipificación de HPV se realizó por PCR-secuenciación (MY09/MY11). La caracterización de variantes y la datación del ancestro común más reciente (tMRCA) se realizaron mediante filogenia y coalescencia. Se encontró ADN de HPV en el 54,4% de las muestras de CIN1, el 74,7% de las muestras de CIN2/3 y el 78,6% de las muestras de cáncer. Los tipos HPV16 (38,9%) y HPV58 (19,5%) fueron los más frecuentes. Los factores de riesgo para el desarrollo de lesiones cervicales/cáncer fueron 3 o más embarazos (OR = 4,3) e infección por HPV (O = 3,7 para HPV de alto riesgo, OR = 3,5 para HPV16), entre otros. En cuanto a la evolución viral, los aislados del HPV16 pertenecían a los linajes A (69%) y D (31%), mientras que los aislados del HPV58 pertenecían únicamente al linaje A. El período de emergencia del HPV16 estuvo asociado a poblaciones humanas (tMRCA = 91.052 años para HPV16Ay 27.000 para HPV16D), mientras que el del HPV58A precedió a la evolución de Homo sapiens (322.257 años). Este estudio proporciona datos novedosos sobre la epidemiología y la evolución del HPV en Ecuador, los cuales serán fundamentales en la era de la vacuna.

Phylogeny of Dengue virus type 2 isolated in the Central Highlands, Vietnam / Filogenia del virus del Dengue tipo2 identificado en el Altiplano Central de Vietnam

AbstractDengue fever is perhaps the most important viral re-emergent disease especially in tropical and sub-tropical countries, affecting about 50 million people around the world every year. In the Central Highlands regions of Vietnam, dengue fever still remains as a major public health issue. Although four viral serotypes have been currently identified, dengue virus type 2 (DENV-2) was involved in the most important outbreaks during 2010-2012, especially, 2010 when the fatality rate highly increased. Detection of genotype of DENV2 provided information on origin, distribution and genotype of the virus. In this study, DEN-2 isolated from dengue patients during the 2010-2012 epidemics was amplified and sequenced with E gene. The consensus sequences were aligned with reference E gene sequences of globally available Genbank. Phylogenetic analysis was performed using Neighbor-joining and Kimura 2-parameter model to construct phylogenetic tree. A total of 15 isolates (seven from 2010; one from 2011 and seven from 2012) were obtained from human serum samples. Phylogenetic analysis revealed that Asian genotype 1 is currently circulating locally in Central Highlands region. Isolates of this genotype were closely related to viruses from Thailand, Laos, and Cambodia. It indicated that these epidemics maybe imported into the Central Highlands region from South-East Asia neighbor countries. The study results would help in planning for prevention and control of dengue virus in Vietnam. Continuous monitoring of DENV genotypes is necessary to confirm the current findings and detect possible genotype shifts within the dengue viruses in the future.

ResumenPosiblemente, la fiebre del dengue es la enfermedad viral recurrente más importante en los países tropicales y subtropicales que afecta cerca de 50 millones de personas cada año en todo el mundo. En las regiones del Altiplano Central de Vietman, la fiebre del dengue aun se considera como una gran preocupación de salud pública. Aunque los cuatro serotipos virales han sido identificados, el virus del dengue tipo 2 (DENV-2) estuvo involucrado en el brote más importante durante el 2010-2012, especialmente en el 2010 cuando los índices de mortalidad aumentaron considerablemente. El descubrimiento del genotipo DENV-2 proporcionó información del origen, distribución y genotipo del virus. En este estudio, el serotipo DENV-2 identificado de pacientes con dengue durante las epidemias de 2010-2012 se amplificaron y secuenciaron con E gene. Las secuencias consenso se alinearon con secuencias de referencia mundiales de E gene disponibles en GenBank. El análisis filogenético se llevó a cabo utilizando el modelo Neighbor-joining y Kimura 2-parámetros para construir el árbol filogenético. Un total de 15 cepas (siete de 2010, una de 2011 y 7 de 2012) se obtuvieron de las muestras de suero humano. El análisis filogenético reveló que el genotipo asiático 1 circula localmente en la región del Altiplano Central. Las cepas de este genotipo estan muy relacionadas con los virus de Tailandia, Laos y Camboya. El análisis también indicó que estas epidemias pudieron migrar a la región del Altiplano Central desde los países vecinos del sureste asiático. Los resultados de este estudio pueden ayudar en la planificación de la prevención y el control del virus del dengue en Vietnam. Un monitoreo contante de los genotipos DENV es necesario para confirmar los hallazgos recientes y detectar los posibles cambios del genotipo de los virus del dengue en el futuro.

Phylogenetic analysis of the envelope protein (domain lll) of dengue 4 viruses

Objective. To evaluate the genetic variability of domain III of envelope (E) protein and to estimate phylogenetic relationships of dengue 4 (Den-4) viruses isolated in Mexico and from other endemic areas of the world. Material and Methods. A phylogenetic study of domain III of envelope (E) protein of Den-4 viruses was conducted in 1998 using virus strains from Mexico and other parts of the world, isolated in different years. Specific primers were used to amplify by RT-PCR the domain III and to obtain nucleotide sequence. Based on nucleotide and deduced aminoacid sequence, genetic variability was estimated and a phylogenetic tree was generated. To make an easy genetic analysis of domain III region, a Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) assay was performed, using six restriction enzymes. Results. Study results demonstrate that nucleotide and aminoacid sequence analysis of domain III are similar to those reported from the complete E protein gene. Based on the RFLP analysis of domain III using the restriction enzymes Nla III, Dde I and Cfo I, Den-4 viruses included in this study were clustered into genotypes 1 and 2 previously reported. Conclusions. Study results suggest that domain III may be used as a genetic marker for phylogenetic and molecular epidemiology studies of dengue viruses.

Objetivo. Evaluar la variabilidad genética del dominio III de la proteína de envoltura (E) y estimar la relación filogenética de los virus dengue 4 (Den-4) aislados en México y en otras regiones endémicas del mundo. Material y métodos. En el presente trabajo reportamos un estudio filogenético del dominio III de la proteína de envoltura (E) que se realizó en 1998 con virus Den-4 aislados en distintos años en México y en otras partes del mundo. Se usaron oligonucleótidos específicos para amplificar por RT-PCR la región del dominio III y para obtener la secuencia de nucleótidos. Mediante el análisis de la secuencia de nucleótidos y de la secuencia deducida de aminoácidos se estimó la variabilidad genética y se generó un árbol filogenético. Para facilitar el análisis genético del dominio III se usó la técnica basada en el polimorfismo de fragmentos generados con enzimas de restricción (PFER) utilizando seis enzimas de restricción. Resultados. Los datos demuestran que la información del análisis de la secuencia de nucleótidos y de aminoácidos de la región del dominio III es similar a la del gene completo de la proteína E. El análisis de PFER con las enzimas de restricción Nla III, Dde I y Cfo I, mostró que los virus Den-4 incluidos en este estudio se agruparon en los genotipos 1 y 2 reportados previamente. Conclusiones. Los resultados sugieren que el dominio III se puede utilizar como un marcador para estudios filogenéticos y de epidemiología molecular del virus Den-4.